El municipio de San Juan Mixtepec Dto. 26 cuenta con una extensión territorial de 53.59 km², a una altitud media de 2,050 m.s.n.m. Colinda con los municipios de
Santa Catarina Quioquitani,
San Cristóbal Amatlán,
Santa Catarina Quiané,
San Pedro Mixtepec (Distrito 26),
Miahuatlán de Porfirio Díaz y
San José del Peñasco. El clima predominante es templado con lluvias en verano, presenta una temperatura media anual de 25°C, con mínimas de 12°C.
Cuenta con una población total de 711 habitantes (INEGI 2012), de los cuales 434 son mujeres y 277 hombres. Existe un total de 191 viviendas. En San Juan Mixtepec existe un total de 1 colonias (
ver listado).
Entre algunos de los atractivos turísticos se encuentran: Los manantiales del río Jordán, además se encuentra el bosque visitado por la gente para llegar al cerro Quieqzhobee, así como los vestigios arqueológicos ubicados al poniente del río Jordán; El 24 de junio se realiza la feria en honor de San Juan y se realiza una visita en el cerro de San Isidro Labrador el día 3 de mayo y el 14 de septiembre, el manantial se visita el 1ro de mayo.
