El municipio de San Juan Juquila Mixes cuenta con una extensión territorial de 227.1 km², a una altitud media de 1,420 m.s.n.m. Colinda con los municipios de
San Pedro Ocotepec,
Santa María Tepantlali,
Nejapa de Madero,
San Carlos Yautepec,
Santo Domingo Tepuxtepec,
San Lucas Camotlán y
San Miguel Quetzaltepec. El clima predominante es frío con lluvias en verano.
Cuenta con una población total de 3,924 habitantes (INEGI 2012), de los cuales 2,083 son mujeres y 1,841 hombres. Existe un total de 1,026 viviendas. En San Juan Juquila Mixes existe un total de 4 colonias (
ver listado).
Entre algunos de los atractivos turísticos se encuentran:
