El municipio de San Juan Atepec cuenta con una extensión territorial de 88.03 km², a una altitud media de 2,000 m.s.n.m. Colinda con los municipios de
San Pablo Macuiltianguis,
San Juan Evangelista Analco,
Abejones y
Ixtlán de Juárez. El clima predominante es frío seco con lluvias en verano.
Cuenta con una población total de 1,517 habitantes (INEGI 2012), de los cuales 795 son mujeres y 722 hombres. Existe un total de 474 viviendas. En San Juan Atepec existe un total de 1 colonias (
ver listado).
Entre algunos de los atractivos turísticos se encuentran:
